Postępowanie zabezpieczające ma – co do zasady – charakter incydentalny i służebny względem postępowania rozpoznawczego. Art. 745 § 1 k.p.c. wskazuje jako regułę, że rozstrzygnięcie o kosztach postępowania zabezpieczającego następuje w orzeczeniu kończącym postępowanie w sprawie łącznie z pozostałymi kosztami, przy odpowiednim zastosowaniu zasad związanych z ostatecznym wynikiem postępowania. Odstępstwo od niej przewidziane w § 2 dotyczy sytuacji zabezpieczenia przedprocesowego i niezachowania przez uprawnionego terminu do wszczęcia sprawy wyznaczonego przez sąd. W tej wyjątkowej sytuacji możliwe jest wydanie samodzielnego rozstrzygnięcia o kosztach postępowania zabezpieczającego.

Jeżeli postępowanie o udzielenie zabezpieczenia zostało wytoczone przed wszczęciem postępowania głównego i w zakreślonym przez sąd terminie powództwo zostało wytoczone, rozstrzygnięcie o kosztach postępowania zabezpieczającego, włącznie z kosztami postępowania zażaleniowego należy do kognicji sądu rozpoznającego sprawę co do istoty. Wówczas rozstrzygając o kosztach postępowania zabezpieczającego łącznie z kosztami postępowania głównego, sąd ma na uwadze wynik sprawy, stosując zasady określone w art. 98 – 107 k.p.c.

Powyższe zasady rozliczania kosztów dotyczą również postępowania wywołanego wnioskiem dłużnika (obowiązanego) złożonego w toku postępowania głównego o uchylenie lub zmianę postanowienia, którym udzielono zabezpieczenia. Tym samym dłużnik nie może być obciążony kosztami postępowania zabezpieczającego nawet jeżeli jego wniosek o uchylenie lub zmianę postanowienia został oddalony przez sąd, aż do chwili wydania orzeczenia dotyczącego postępowania głównego. Oznacza to jednocześnie, że wierzyciel nie uzyska tytułu wykonawczego uprawniającego do egzekucji kosztów postępowania zabezpieczającego do czasu uzyskania prawomocnego orzeczenia rozstrzygającego postępowanie główne.

Na marginesie należy zauważyć, iż postulaty zmierzające do ustawowego ograniczenia liczby wniosków o udzielenie zabezpieczenia przed wytoczeniem sprawy należy uznać za zasadne. Instytucja zabezpieczenia bywa bowiem ukierunkowana na szykanowanie dłużników, nie zaś rzeczywiste zabezpieczenie roszczeń wierzycieli. Co więcej, udzielenie zabezpieczenia nie rzadko paraliżuje działalność dłużnika będącego przedsiębiorcą, a tym samym skutecznie utrudnia generowanie przychodów, z których możliwe jest zaspokajanie wierzytelności przysługujących wierzycielom. Wydaje się zatem zasadnym aby uzyskanie zabezpieczenia przed wszczęciem sprawy sądowej dotyczyło wyjątkowej sytuacji, a ponadto wymagało od wnioskodawcy uprawdopodobnienia istnienia realnych przeszkód do zainicjowania sprawy przed właściwym sądem.